1945
Será o escultor Diogo Macedo que, como diretor, depois de profundas obras de remodelação de estrutura e interiores, em 1945, abre diariamente o museu ao público, com entrada independente pela Rua Serpa Pinto. Tendo sido um participante no movimento modernista e posteriormente um historiador de arte, seria de esperar uma nova atitude na direção. Um programa de exposições temporárias é posto em marcha, bem como investigações sobre artistas representativos da coleção através de pequenas monografias que o museu edita. Todavia uma clara definição de opções modernistas não é assumida, mantendo-se um compromisso pernicioso com o tardo-naturalismo descontextualizado do seu tempo. Alguns artistas revelados na segunda metade da década de 1940 vêm algumas das suas obras adquiridas, ainda que de forma pouco esclarecida e sem programa específico.
Assim, até 1959, o museu apresentava um perfil desatualizado e conservador pouco comum a outros museus espalhados pela Europa. A nomeação política do pintor Eduardo Malta, nesse ano, apesar dos protestos generalizados por parte da comunidade de artistas plásticos e críticos, veio, contudo, repor um modelo passadista que se revelaria catastrófico para as opções modernistas das coleções e o respetivo acerto, necessário, com a situação internacional. Um catálogo foi ainda realizado mas os fundamentos nazis, onde os critérios de apresentação da coleção se alicerçavam, impuseram a sua censura por parte das autoridades do próprio regime político que nomeara este mesmo diretor. Em 1970, Maria de Lourdes Bártholo, conservadora de formação, foi nomeada diretora do museu, que se encontrava em avançado estado de degradação. Durante os 17 anos seguintes o edifício sofreu apenas algumas obras de arranjo muito superficiais. As coleções prolongaram-se até à contemporaneidade sem que os critérios de representatividade dos diversos movimentos, tendências e individualidades da arte portuguesa, que a partir da década anterior haviam sofrido profundas transformações quantitativas e qualitativas, fossem minimamente equacionados e as aquisições definissem um entendimento consistente e porventura amplo da contemporaneidade.
